Luka Wanjohi jest regionalnym starszym współpracownikiem ds. zarządzania wiedzą w Międzynarodowym Centrum Ziemniaka w Ugandzie i współpracuje z projektem Sweetpotato Genetic Advancement and Innovative Seed Systems (SweetGAINs). Rozmawiał ze specjalistką ds. komunikacji regionalnej Vivian Atakos o tym, jak statystyki napędzają przełomy w hodowli roślin poprzez usprawnienie gromadzenia i udostępniania informacji.

P: Kiedy myślimy o statystykach dotyczących hodowli roślin i gromadzeniu danych, niekoniecznie są one pierwszą rzeczą, która przychodzi na myśl. Jaką rolę odgrywa zarządzanie danymi w opracowywaniu i wdrażaniu ulepszonych odmian roślin?

LW: Dane można postrzegać jako serce i duszę działań badawczych. Sweet GAINs działa w różnych krajach z różnymi partnerami, każdy ma inny sposób gromadzenia danych i zarządzania swoją działalnością badawczą. Aby mieć pewność, że uda nam się wykorzystać dane przy podejmowaniu decyzji dotyczących selekcji, wymagane są odpowiednie i bardzo ustandaryzowane działania w zakresie zarządzania danymi. Hodowcy roślin opierają się na danych, aby podejmować dobre decyzje selekcyjne. Zanim odmiana zostanie wypuszczona na rynek, chcemy zrozumieć, co zastępujemy. Dlaczego uważamy, że w danym kraju konieczne jest wypuszczenie nowej odmiany.

Q:  Jakie ryzyko niesie ze sobą brak usystematyzowania danych generowanych przez nowoczesny program hodowlany?

LW: Jeśli nie zbieramy danych i nie definiujemy zbieranych cech w ustandaryzowany sposób, udostępnianie danych staje się dla nas trudne. Przekonasz się, że jeśli nie masz systematycznego sposobu zarządzania danymi, praca z nimi może być trudna dla osób, których nie było podczas generowania tych danych. Wreszcie, brak usystematyzowania danych oznacza ryzyko wprowadzenia wielu błędów, utraty danych lub gromadzenia uszkodzonych danych. To bardzo utrudnia korzystanie z tych danych bez przeprowadzenia tak zwanej kontroli danych — kosztownego i żmudnego procesu. Nawet po kuracji niektóre dane zostaną utracone lub bezużyteczne.

Standaryzacja gromadzenia i zarządzania danymi pomaga hodowcom roślin w rozwijaniu swojej pracy. W przeszłości gromadzenie danych nie było standaryzowane w poszczególnych projektach i lokalizacjach, co prowadziło do błędnej interpretacji lub kosztownej straty czasu (zdjęcie: Isabel Corthier/)CIP)

P: Dlaczego ważne jest wdrożenie standardowych procedur operacyjnych w zakresie zarządzania danymi w hodowli roślin?

LW: Wyraźne korzyści, jakie widzimy w odniesieniu do wdrożenia tych standardowych procedur operacyjnych (SOP), polegają na tym, że jesteśmy w stanie ustalić jasne standardy dotyczące wysokiej jakości danych w zakresie sposobu, w jaki realizujemy nasze projekty prób. Nasze podejście do cyfryzacji uwzględnia sposób, w jaki zbieramy dane, jakiego ulepszonego sprzętu używamy i tak dalej. Inną korzyścią jest to, że mamy pewność, że gromadzone przez nas dane będą porównywalne dzisiaj i jutro w różnych środowiskach i krajach, nad czym pracujemy.

P: Jakie wyzwania wiążą się z brakiem standaryzacji danych w programie?

LW: Jeżeli w przyszłości chcemy przeprowadzić wspólną analizę, potrzebujemy ujednoliconych systemów nazewnictwa. Aby odróżnić zaawansowaną próbę od próby wstępnej, używamy tej samej ontologii. Na przykład jakiś czas temu chcieliśmy sprawdzić, jak retrowirusowa choroba słodkich ziemniaków wpływa na nasze rośliny, ale było to wyzwanie, ponieważ w przeszłości jedna grupa mogła uzyskać punkty w skali od jednego do pięciu, w oparciu o nasilenie wpływu wirusa wirus na roślinie. Następnie znajdowalibyśmy inny program oceniany w skali od jednego do trzech, a inny stosowałby system punktacji od jednego do dziewięciu. Kiedy mówimy o ontologii, standaryzujemy te wyniki, tak aby były takie same we wszystkich programach. Korzystamy również z BreedBase, aby scentralizować przechowywanie wszystkich naszych danych i umożliwia nam śledzenie danych próbnych w różnych przejściach (programowych) i wykrywanie potencjalnych problemów na wczesnym etapie naszej pracy, zamiast odkrywać, że zebraliśmy lub przechowywaliśmy nieprawidłowe dane bezpośrednio na samym początku. bardzo, gdy chcesz przeprowadzić analizę.

Q:  W jaki sposób gromadzenie danych i zarządzanie nimi pomaga hodowcom ukierunkować się na preferowane cechy, usprawnić ich pracę i obniżyć ogólne koszty?

LW: Sprawny proces zarządzania danymi wspiera hodowcę w szybkim i oszczędnym gromadzeniu danych, co pozwala mu zebrać dużą ilość danych, przeanalizować je i podjąć decyzje selekcyjne wspierające jego pracę. Hodowcy zwykle pracują z dużą liczbą przyjęć. Widziałem procesy w Ugandzie, gdzie na spisek wpłynęło około 7000 wpisów w procesie obejmującym 7000 działek. Gdy masz dużą liczbę akcesji, chcesz mieć możliwość wejścia, zebrania danych szybko i sprawnie. Wdrożenie procesu umożliwiającego dokonanie tego w formie cyfrowej pozwala uniknąć zapisów papierowych, które stwarzają ryzyko błędnej transkrypcji danych podczas digitalizacji. Nasze narzędzia mają wbudowane kontrole, które pozwalają mieć pewność, że zbieramy właściwe dane lub ograniczają wprowadzanie danych w jak największym stopniu. Można zbierać tylko dopuszczalne wartości, które mogą zostać zgromadzone. Pozwala to na szybką analizę danych, ponieważ są już zdigitalizowane, oraz na szybkie i łatwe udostępnianie współpracownikom i innym osobom pomagającym w analizie danych.

P: Opowiedz nam, w jaki sposób użycie kodów kreskowych pomaga w usprawnianiu informacji.

LW: Od jakiegoś czasu używamy wielu etykiet z kodami kreskowymi. Zachęcamy uczestników programów do upewnienia się, że etykiety dla swoich materiałów są drukowane w ekranach i w terenie. Istotą etykiety z kodem kreskowym jest możliwość śledzenia przemieszczania się danej osoby lub danego genotypu na różnych polach pracy. Nasza baza danych BreedBase generuje unikalny identyfikator dla każdej działki, którą wystawisz na pole, i umieszczamy ten identyfikator w kodzie kreskowym, dzięki czemu jesteśmy w stanie śledzić wydajność danego wpisu od pola do żniw i kiedy przynosimy go do laboratorium w celu analizy i tak dalej.

P: Jaką masz radę dla innych organizacji, które chcą wdrożyć standardowe procedury operacyjne w swoich programach hodowlanych?

LW: Dowiedzieliśmy się, że nasze standardowe procedury operacyjne są żywym dokumentem. Tam potrzebny był rozwój, ponieważ kiedy już masz dokument referencyjny, ludziom łatwo jest wrócić, spojrzeć na niego i wesprzeć ludzi rozproszonych po całym regionie. Moja rada dla innych jest taka, że ​​rozwój powinien być nieodłączną częścią działań, które wykonujesz dzisiaj. Zacznij od czegoś małego, udokumentuj procedury tak, jak są dzisiaj. Współpracuj z zespołami hodowlanymi, z osobami, które faktycznie realizują działania hodowlane i staraj się stale ulepszać ten dokument. Nie staraj się przygotować idealnego dokumentu. Zacznij od napisania jednego, a następnie, dzięki wspólnym wysiłkom wszystkich członków zespołu, postaraj się uchwycić wszystkie procesy i wszystkie rutynowe czynności w programie hodowlanym. Dzięki temu z biegiem czasu będziesz mieć dokument możliwie najbardziej kompleksowy i obejmujący wszystkie działania, które podejmujesz w ramach swojego programu.

Odwiedź nas na SoundCloud, aby posłuchać Podcast SweetGAINS z udziałem Luki Wanjohi i innych naukowców modernizujących hodowlę roślin.