Bakteryjne choroby roślin

Podsumowanie

BBSRC, w imieniu także Departamentu Środowiska, Żywności i Spraw Wiejskich (Defra), Rady ds. Badań nad Środowiskiem Naturalnym (NERC) i rządu Szkocji, ogłasza zaproszenie do przeprowadzenia badań mających na celu zajęcie się zagrożeniami dla zdrowia roślin i bezpieczeństwa biologicznego w Wielkiej Brytanii wynikającymi z chorób bakteryjnych. Zapraszamy do składania wniosków o multidyscyplinarne i interdyscyplinarne badania bakteryjnych patogenów roślin i ich interakcji z roślinami żywicielskimi, bezkręgowcami vectori szersze środowisko.

Niniejsze zaproszenie jest drugą fazą szerszego programu dotyczącego bakteryjnych chorób roślin, wspieranego przez brytyjski fundusz priorytetów strategicznych (SPF) ds. Badań naukowych i innowacji (UKRI). Będzie to uzupełnienie prac niedawno utworzonego konsorcjum BRIGIT, na którym skupiono się Xylella fastidiosa poprzez finansowanie badań nad różnymi chorobami.

Tło

Rosną obawy dotyczące potencjalnych i istniejących zagrożeń dla zdrowia i bezpieczeństwa biologicznego roślin (w tym drzew) w Wielkiej Brytanii wynikających z szerszego rozprzestrzeniania się i częstszego występowania zarówno nowych, jak i rodzimych chorób bakteryjnych. Do czynników sprzyjających zaliczają się zmiany środowiskowe i większy przepływ potencjalnie skażonych roślin lub materiałów roślinnych w handlu. Te patogeny (i ich bezkręgowce vectors) zagrażają produkcji roślinnej, leśnictwie, ogrodnictwu komercyjnemu i rekreacyjnemu, a także lasom i szerszej różnorodności biologicznej w szerszym środowisku. Mogą one potencjalnie powodować rozległe i poważne skutki gospodarcze, środowiskowe i społeczne dla krajobrazów i ekosystemów, zarówno wiejskich, jak i miejskich.

Fitopatogeny bakteryjne są różnorodne i powodują wiele rodzajów chorób. Ich przenoszenie może odbywać się drogą powietrzną, glebową lub przez bezkręgowce vectorS. Po wprowadzeniu na nowe obszary ich rozprzestrzenianie się jest nieprzewidywalne, ale często wysoce inwazyjne. Trudno je zwalczać środkami chemicznymi i w przeciwieństwie do wielu innych patogenów roślinnych często mają dużą liczbę potencjalnych żywicieli.

Niepokój potęguje względny niedostatek badań nad fitopatogenami bakteryjnymi, połączony z dostępnością ograniczonych możliwości naukowych i zdolności reagowania na wyzwania, jakie one stwarzają. Patogeny są często trudne do zbadania: infekcja może być utajona i bezobjawowa, podczas gdy niektóre patogeny są „nieulegające hodowli” poza roślinami żywicielskimi.

Rejestr ryzyka dla zdrowia roślin Defra zawiera informacje o wielu patogenach bakteryjnych, a więcej patogenów jest dodawanych, gdy stają się zagrożeniem. Niniejsze zaproszenie nie dotyczy wyłącznie chorób bakteryjnych ujętych w rejestrze, ale wnioskodawcy mogą uznać je za przydatne źródło informacji.

Cel

Celem niniejszego zaproszenia do składania wniosków jest wspieranie multidyscyplinarnych i interdyscyplinarnych badań naukowych w celu zrozumienia zagrożeń dla zdrowia roślin w Wielkiej Brytanii związanych z chorobami bakteryjnymi o potencjalnie poważnym wpływie na rośliny uprawne lub środowisko naturalne oraz informowania o zarządzaniu nimi. Jego celem jest zaspokojenie potrzeb decydentów i praktyków poprzez wykorzystanie możliwości naukowych w celu wypełnienia luk w wiedzy na temat biologii i epidemiologii tych chorób, aby zoptymalizować reakcje na ich przeciwdziałanie.

Zaproszenie ma również na celu zwiększenie możliwości i możliwości badań nad chorobami bakteryjnymi poprzez połączenie wiedzy specjalistycznej z zakresu patologii roślin z najnowocześniejszymi technologiami genomicznymi i innymi technologiami oraz badaniami w innych dyscyplinach. W stosownych przypadkach badania te powinny opierać się na odpowiednich podejściach z innych dziedzin, szczególnie w szerszym kontekście środowiskowym, aby zrozumieć interakcje między patogenami, ich żywicielami i vectori szersze ekosystemy.

Portfel finansowanych projektów będzie aktywnie zarządzany w celu promowania wymiany wiedzy - między projektami i z zainteresowanymi stronami - w celu wykorzystania możliwości synergii i zapewnienia adekwatności do potrzeb użytkowników.

Zakres

To wezwanie jest drugą fazą szerszego programu dotyczącego bakteryjnych chorób roślin, wspieranego przez SPF, z dodatkowym wkładem ze strony Defra i rządu szkockiego. Obejmuje wszystkie rodzaje patogenów bakteryjnych (w tym fitoplazm), które wpływają na rośliny uprawne lub inne (lądowe lub wodne) (w tym drzewa), które mają znaczenie i wartość handlową, środowiskową, społeczną lub kulturową w Wielkiej Brytanii lub im zagrażają.

Zrozumienie biologii patogenów bakteryjnych i ich złożonych interakcji z roślinami żywicielskimi i bezkręgowcami vectori szersze środowisko, wnioski będą musiały opierać się na wiedzy specjalistycznej z różnych dyscyplin badawczych. Mogą one obejmować bakteriologię, ekologię, entomologię, epidemiologię, genomikę, modelowanie, patologię roślin, nauki społeczne i wszelkie inne istotne obszary badań. Szczególnie mile widziane byłyby innowacyjne podejścia interdyscyplinarne, które integrują różne rodzaje wiedzy specjalistycznej.

Oprócz doskonałości naukowej, badania, które mają być finansowane, muszą być strategicznie dostosowane do potrzeb potencjalnych użytkowników: rządów, agencji ustawowych, biznesu, przemysłu i organizacji pozarządowych. Oczekuje się, że zainteresowane strony będą zaangażowane w opracowywanie i realizację projektów, aby zapewnić ich znaczenie dla polityki i praktyki.

Ponadto propozycje muszą zademonstrować, w jaki sposób zwiększyłyby możliwości i możliwości Wielkiej Brytanii w zakresie badań nad bakteryjnymi chorobami roślin.

Propozycje są zapraszane do projektów dotyczących wyzwań w ramach co najmniej jednego z poniższych tematów, ale nie mają one charakteru nakazowego ani wyłącznego:

Skutki zmian środowiskowych

Zmiany w środowisku i jego zarządzaniu prawdopodobnie spowodują zmiany w sposobie rozprzestrzeniania się patogenów bakteryjnych i wpływu na ich żywicieli. Zmiany temperatury, wzorce opadów, CO₂ stężenia, owad vector zachowanie, użytkowanie gruntów i postępowanie w rolnictwie mogą mieć wpływ na sposób, w jaki żywiciel jest narażony na kontakt z patogenem, a nawet na to, czy po przybyciu po raz pierwszy do Wielkiej Brytanii rozwinie się choroba bakteryjna. Aplikacje do badania wpływu zmieniającego się środowiska na choroby bakteryjne pomogą zainteresowanym stronom zrozumieć choroby bakteryjne i przygotować się na nie obecnie i w przyszłości.

Transfer między hostami

Jedną z największych obaw związanych z niektórymi chorobami bakteryjnymi jest ich tendencja do atakowania szczególnie szerokiego zakresu roślin żywicielskich. Zrozumienie nie tylko zakresu żywicieli patogenu, ale także tego, w jaki sposób może on oddziaływać na nowych żywicieli, może dostarczyć nam wiedzy, którą można wykorzystać w celu zapobiegania zakażeniom kolejnych żywicieli. Zrozumienie roli vectorOsoby zaangażowane w przenoszenie chorób i infekowanie roślin będą również kluczem do opracowania sposobów ograniczenia skutków tych chorób.

Czynniki wpływające na chorobotwórczość

Aby choroba bakteryjna zaatakowała roślinę żywicielską, bakteria musi spotkać żywiciela w takiej postaci, w której może nastąpić infekcja. Wnioski są mile widziane w celu zrozumienia cyklu życiowego patogenu i przyczyn, dla którego jest on patogenny, a także zrozumienia, w jaki sposób ta patogenność występuje. Może to mieć do odegrania rolę w informowaniu zainteresowanych stron o ryzyku zakażenia, w tym z importowanego materiału roślinnego.

Wpływ gleby / mikrobiomu gleby

Gleba może odgrywać różnorodne role w przenoszeniu i powstawaniu chorób bakteryjnych roślin. Bakterie chorobotwórcze mogą żyć w glebie i infekować rosnące tam rośliny żywicielskie, aw przeciwieństwie do patogenów atakujących górne części roślin, bakterie glebowe są trudne do leczenia. Ponadto choroby mogą być przenoszone przez organizmy żyjące w glebie, takie jak nicienie i ślimaki nagie. Warunki glebowe, w tym mikrobiom glebowy, również mogą mieć wpływ, ale przeprowadzono niewiele badań w tej dziedzinie i mile widziane są zastosowania do badania roli gleby w chorobach bakteryjnych roślin.

Zrozumienie odporności i podatności gospodarza

Zbadano mechanizmy odporności roślin żywicielskich na atak patogenów bakteryjnych, ale nie zawsze jest jasne, dlaczego jeden gatunek żywiciela będzie podatny na chorobę bakteryjną, podczas gdy inny będzie w dużej mierze odporny. Zrozumienie odporności żywicieli wchodzi w zakres niniejszego zaproszenia, ale wnioski skupione głównie na hodowli odpornych odmian roślin będą odrzucane.

Badania, które mają być finansowane, muszą leżeć w gestii BBSRC i / lub NERC i muszą obejmować istotny element śledczych nauk biologicznych i / lub środowiskowych. Jednak aby zapewnić ich przydatność dla zainteresowanych stron i możliwość wywierania wpływu, wnioski muszą uwzględniać kontekst gospodarczy i społeczny wyzwań związanych ze zdrowiem roślin, którym mają sprostać. Pod warunkiem, że są one ściśle zintegrowane z innymi aspektami proponowanych prac, projekty mogą również zawierać odpowiednie elementy analizy ekonomicznej lub nauk społecznych.

Pierwsza faza programu chorób bakteryjnych roślin SPF obejmuje 5 milionów funtów zintegrowanej, multidyscyplinarnej pracy nad Xylella fastidiosa przez konsorcjum BRIGIT instytucji pod przewodnictwem John Innes Centre. Podczas gdy dodatkowe badania dotyczą X. denerwujące nie jest wykluczony z niniejszego zaproszenia, proponowane prace muszą wyróżniać się i uzupełniać BRIGIT i inne istniejące badania, w tym projekty XF-ACTORS i POnTE wspierane przez program Unii Europejskiej Horyzont 2020. Propozycje muszą wykazywać wartość dodaną, jaką zapewniłyby dzięki synergii z bieżącymi działaniami.

Oczekuje się, że propozycje badań nad rolą bakterii w chorobach dębów będą zgodne z priorytetami partnerstwa Action Oak i będą z nim współpracować. Defra zaoferowała list poparcia dla propozycji, które dotyczą celów Action Oak. Prosimy o kontakt z Sarah Jeffery pod adresem info@actionoak.org z opisem swojej propozycji, aby uzyskać więcej informacji. 

Z konkursu wyłączone są badania dotyczące następujących tematów:

• badania skażenia / zaniku roślin uprawnych bakteriami po zbiorach
• badania mające na celu umożliwienie komercyjnej hodowli roślin odpornych na określone patogeny bakteryjne
• badania mające na celu zrozumienie interakcji między roślinami a ludzkimi patogenami bakteryjnymi oraz ich roli w przenoszeniu chorób na ludzi.

Skala i czas trwania projektu

Dostępnych jest do 13 milionów funtów, w zależności od jakości otrzymanych wniosków, w celu wsparcia odpowiednio szerokiego i zbilansowanego portfela obejmującego do 20 projektów. Wnioski nie mogą przekraczać 2.5 miliona GBP (przy 100% ich pełnego kosztu ekonomicznego). Celem sponsorów jest sfinansowanie portfela projektów o różnej wielkości i obszarach zainteresowania. Z zadowoleniem przyjmuje się wielodyscyplinarne wnioski na dużą skalę, ale nie wyklucza się mniejszych, bardziej ukierunkowanych projektów.

O fundusze można ubiegać się na okres do trzech lat, a projekty mają rozpocząć się 1 maja 2020 r.

Wszystkie projekty będą finansowane w 80% ich pełnego kosztu ekonomicznego.

Spotkanie w mieście

Spotkanie miasta odbyło się 21 czerwca, aby zapewnić potencjalnym wnioskodawcom i zainteresowanym stronom możliwość dowiedzenia się więcej na temat tła zaproszenia i zrozumienia, co fundatorzy mają nadzieję wesprzeć w jego trakcie. Prezentacje wygłosili Jon Knight, Nicola Spence, Saskia Hogenhout i Debbie Harding i są one dostępne w sekcji „Pliki do pobrania”. 

Kwalifikowalność

Zaproszenie jest otwarte dla kwalifikujących się osób w organizacjach, które normalnie kwalifikują się do ubiegania się o granty badawcze od rad badawczych UKRI. Obowiązują standardowe kryteria kwalifikacji BBSRC i NERC, zobacz pliki do pobrania i NERC: Kwalifikowalność do grantów badawczych.

Tylko w przypadku tego zaproszenia: Instytucje badawcze sektora publicznego (PSRE) z co najmniej 10 naukowcami ze stopniem doktora (lub równoważnymi) mogą się ubiegać. Jeśli PSRE, które chcą złożyć wniosek, nie złożyły wcześniej wniosku o dofinansowanie UKRI i nie mają obecnie statusu IRO, będą musieli wypełnić formularz kwalifikacyjny (patrz: Badania i innowacje w Wielkiej Brytanii: Wniosek o uprawnienie do ubiegania się o finansowanie badań naukowych w Wielkiej Brytanii) w celu upewnienia się, że posiadają wymagane zdolności badawcze, systemy i środki kontroli na miejscu w celu zarządzania badaniami i finansowaniem dotacji. Wnioskodawcy PSRE powinni skontaktować się roślina.bakterie@bbsrc.ukri.org przy najbliższej okazji, aby omówić swoje zainteresowania związane z aplikacją.

Wnioski zawierające dyrektora lub współbadaczy, którzy nie kwalifikują się do ubiegania się o finansowanie i / lub organizacje niekwalifikujące się, zostaną odrzucone.

Zagraniczne instytucje badawcze mogą być partnerami współpracującymi w projektach, ale nie kwalifikują się do bezpośredniego finansowania w ramach inicjatywy. Wnioski o granty badawcze nie będą przyjmowane z instytucji zagranicznych ani od wnioskodawców z Wielkiej Brytanii, jeśli wnioski zawierają wnioski o bezpośrednie finansowanie dla współwnioskujących z zagranicy (ale patrz sekcja dotycząca podwykonawstwa poniżej).

Organizacje sektora prywatnego, organizacje charytatywne i organizacje pozarządowe, które nie mają statusu IRO zatwierdzonego przez UKRI, mogą uczestniczyć jako partnerzy współpracujący, ale takie organizacje nie są uprawnione do ubiegania się o bezpośrednie finansowanie z tej inicjatywy ani do otrzymywania jej (ale zobacz sekcję dotyczącą podwykonawstwa poniżej).

We wszystkich przypadkach współpracy z organizacjami innymi niż wymienione powyżej klasy kwalifikujących się instytucji, zarówno wnioskodawcy, jak i współpracownicy / partnerzy projektu muszą mieć świadomość, że wszelkie koszty poniesione bezpośrednio lub w inny sposób przez współpracowników lub instytucje współpracujące (partnerów projektu) w związku przy współpracy, nie można spotkać się z tą inicjatywą.

Dalsze wskazówki dotyczące włączenia współpracowników i partnerów projektu są dostępne w przewodniku po grantach BBSRC (patrz sekcja do pobrania).

Dopuszczalne są aspekty podwykonawstwa proponowanych prac instytucjom, które nie kwalifikują się do bezpośredniego ubiegania się o finansowanie, na przykład z powodu braku odpowiedniej wiedzy fachowej w kwalifikujących się instytucjach. Jednak wnioskodawcy musieliby wykazać, że udział dowolnego podwykonawcy zapewni dostęp do podstawowych umiejętności, które nie są łatwo dostępne w uprawnionej brytyjskiej organizacji badawczej. Szczegółowe informacje na temat podwykonawstwa znajdują się w Przewodniku dotacji BBSRC.

Harmonogram

Wstępne ogłoszenie wezwania	Marzec 4 2019
Rozpoczęcie połączenia	20 maja 2019 roku
Spotkanie w mieście	21 czerwca 2019
Termin składania wniosków	25 July 2019
Spotkanie oceniające	Grudzień 2019 (do potwierdzenia)
Przyznane granty badawcze	Luty 2020 (do potwierdzenia)

Istnieją ograniczenia dotyczące czasu trwania tego programu finansowania i wszystkie dotacje będą musiały się rozpocząć 1 maja 2020 r. Lub wcześniej.

Proces składania wniosków i oceny

Wnioski o granty badawcze należy składać za pośrednictwem systemu Joint Electronic Submission (Je-S) rad badawczych, a ich oceną zajmie się BBSRC. Potencjalni wnioskodawcy powinni pamiętać, że kwalifikujące się osoby i instytucje muszą być zarejestrowane w systemie Je-S, aby móc składać wnioski. Każda uprawniona instytucja lub osoba fizyczna rozważająca złożenie wniosku, ale obecnie niezarejestrowana do korzystania z systemu, powinna rozważyć wczesną rejestrację i skontaktować się z Helpdeskiem Je-S (jeshelp@je-s.ukri.org ; 01793 444164).

Kandydaci powinni zalogować się do Je-S i wybrać:

• Rada: BBSRC
• Typ dokumentu: oferta standardowa
• Schemat: standardowy
• Zawiadomienie / Rodzaj / Tryb: Bakteryjne choroby roślin Faza 2 programu

W przypadku tego zaproszenia wymagany będzie dodatkowy dokument „Plan zaangażowania interesariuszy”. Prześlij to do swojej aplikacji jako typ załącznika „Inny załącznik” w Je-S. Wszystkie inne dokumenty są wymagane zgodnie ze standardowymi wnioskami, jednak w przypadku tego wezwania limit stron w przypadku sprawy wsparcia i rejestru śladów powinien wynosić maksymalnie dwanaście stron formatu A4 (obejmującego dwie strony dokumentacji i dziesięć stron sprawy dla Wsparcie).

Wnioski należy składać do godziny 16:00 czasu BST w dniu upływu terminu składania wniosków. Żadne przedłużenia terminów nie będą akceptowane. Zalecamy złożenie wniosku z dużym wyprzedzeniem przed upływem terminu składania wniosków.

Kryteria oceny wniosków będą następujące:

• Doskonałość naukowa
• Znaczenie dla zakresu i celu zaproszenia
• Skutki gospodarcze i społeczne
• Strategia i znaczenie dla polityki
• Stosunek jakości do ceny
• Potencjał budowania zdolności i zdolności
• Zaangażowanie interesariuszy
• Solidność i adekwatność planu zarządzania projektem, w szczególności zarządzania konsorcjami interdyscyplinarnymi.

Fundatorzy podejmą ostateczną decyzję w sprawie projektów, które mają zostać sfinansowane, na podstawie zaleceń zespołu oceniającego. Darczyńcy wezmą również pod uwagę ogólny zasięg i równowagę finansowanego programu prac.

Ścieżki oddziaływania

Wnioskodawcy będą musieli wypełnić oświadczenie „Pathways to Impact” jako część wniosku; jest to standardowy wymóg wniosków o granty Rady ds. Badań Naukowych, który jest traktowany jako część procesu recenzowania. Partnerom finansującym zależy na tym, aby badacze finansowani w ramach tego programu zaplanowali program zaangażowania interesariuszy i wymiany wiedzy, który będzie realizowany przez cały okres trwania ich projektu. Wnioskodawcy powinni dokładnie rozważyć, w jaki sposób wiedza i doświadczenie zdobyte w ramach projektu zostaną udostępnione odpowiednim decydentom i innym zainteresowanym stronom. Należy również uwzględnić wszelkie inne rodzaje wpływu, które mogą wyniknąć z badań. Proszę zobaczyć Badania i innowacje w Wielkiej Brytanii: ścieżki do wpływu.

Wnioskodawcy powinni zwrócić uwagę, że we wnioskach o dofinansowanie mogą być uwzględnione koszty związane z realizacją działań mających wpływ na projekt. Koszty muszą być w pełni uzasadnione. Fundatorzy są szczególnie zainteresowani działaniami o wpływie, które wykraczają poza okres trwania grantu badawczego.

Zaangażowanie interesariuszy

Oprócz dokumentu Pathways to Impact wnioskodawcy będą musieli przedłożyć plan zaangażowania interesariuszy. Fundatorom zależy na aktywnym zaangażowaniu odpowiednich grup interesariuszy w projekty, począwszy od projektowania projektów, poprzez realizację badań, a ostatecznie z wykorzystaniem wyników badań z interesariuszami. Plan zaangażowania interesariuszy powinien wskazywać, którzy interesariusze będą / prawdopodobnie będą zaangażowani, w jaki sposób będą zaangażowani w projekt i jak ich bieżące potrzeby zostaną odzwierciedlone w realizacji projektu.

Plan zaangażowania interesariuszy będzie osobnym załącznikiem do dokumentu Pathways to Impact i będzie miał maksymalnie dwie strony.

Jon Knight z AHDB zaoferował działanie w charakterze pośrednika w celu wspierania współpracy między wnioskodawcami a odpowiednimi interesariuszami przemysłowymi; prosimy o kontakt Jon.Knight@ahdb.org.uk w celu uzyskania dalszych informacji. 

Wymogi dotyczące finansowania i sprawozdawczości

Fundusze przyznane w ramach inicjatywy będą zarządzane przez BBSRC. Będzie podlegać standardowym warunkom grantów badawczych UKRI (patrz pliki do pobrania), wraz z określonymi dodatkowymi lub alternatywnymi wymogami uzgodnionymi wspólnie przez BBSRC i jego partnerów finansujących (np. Dotyczących własności intelektualnej, zarządzania i udostępniania danych, wymogów sprawozdawczych, zaangażowania publicznego) lub interakcji z partnerami finansującymi).

Projekty wspierane w ramach tej inicjatywy będą trwać do trzech lat.

Projekty będą finansowane w 80% kwalifikowalnych pełnych kosztów ekonomicznych (FEC), zgodnie ze zwykłą praktyką Rad ds. Badań Naukowych.

Darczyńcy przyjęli politykę UKRI dotyczącą otwartego dostępu do wyników badań (patrz: Brytyjskie badania i innowacje: Polityka otwartego dostępu), a dotacje będą finansowane na tych warunkach. Koszty publikacji nie są już kosztami kwalifikowalnymi dotacji rady naukowej.

Mają zastosowanie standardowe wymagania dotyczące sprawozdawczości w odniesieniu do grantów badawczych przyznanych w ramach warunków grantów UKRI.

Wnioski zostaną udostępnione wszystkim fundatorom; informacje o sfinansowanych grantach zostaną udostępnione na stronach internetowych fundatorów.

Kontakt

Debby Harding

roślina.bakterie@bbsrc.ukri.org