Synchytrium endobioticum:aspekty diagnostyczne dla badań ankietowych

Synchytrium endobioticum powoduje chorobę brodawek ziemniaczanych. Synchytrium endobioticum jest pasożytem obowiązkowym, który nie wytwarza strzępek, lecz zarodnie zawierające ruchliwe zoospory. Zarodnie letnie są cienkościenne i krótkotrwałe. Tworzą się w tkance ziemniaka i powodują nowe infekcje zoosporami. Zarodniki spoczynkowe (czasami nazywane także zarodnikami zimowymi, zarodnikami zimowymi, sori spoczynkowymi lub sori zimowymi) są grubościenne i zachowują żywotność przez niezwykle długi okres czasu, nawet pod nieobecność żywiciela. Można je produkować przez cały sezon wegetacyjny. Są uwalniane z rozkładających się brodawek do gleby. Rozpoznanie S. endobioticum dotyczy zarówno rośliny, na której mogły powstać brodawki, jak i gleby, na której mogą się pojawić
nosić spoczynkowe zarodniki.

Liczne patotypy (rasy) opisano m.in S. endobiotyk . Są one definiowane na podstawie ich wirulencji wobec zróżnicowanych odmian ziemniaka. Patotyp 1 (D1) jest obecnie rzadko zgłaszany jako infekujący ziemniaki w Europie, ponieważ niewiele odmian ziemniaka jest na niego podatnych, najwyraźniej ze względu na dominującą odporność u żywiciela. Inne patotypy są obecnie zgłaszane częściej w Europie Zachodniej, a szczególnie w deszczowych obszarach górskich Europy Środkowej i Wschodniej. Występują one również poza Europą (np. w Nowej Fundlandii, Kanadzie i azjatyckiej części Turcji). Odporność na te patotypy jest rzadka, więc ich zwalczanie jest trudniejsze. Patotypy inne niż 1 (D1) są rozróżniane na podstawie zróżnicowanej wirulencji wobec konkretnych odmian ziemniaka, ale poza tym wydają się być bliżej spokrewnione ze sobą niż z patotypem 1 (D1). Zalecane środki wewnętrzne EPPO kraje wymagają identyfikacji patotypów.

Tożsamość zarodników letnich lub spoczynkowych obserwowanych pod mikroskopem można potwierdzić za pomocą konwencjonalnej reakcji PCR,
i PCR w czasie rzeczywistym. Konwencjonalna PCR opiera się na wewnętrznym transkrybowanym odstępniku regionu rybosomalnego DNA (ITS), przy czym starter do przodu przyłącza się do ITS1 i starter do tyłu przyłącza się do ITS2. PCR w czasie rzeczywistym van Gent-Pelzera i in. (2010) opiera się na ITS2. PCR w czasie rzeczywistym przeprowadzony przez Smitha i in. (2014), który jest tutaj opisany, opiera się na małej podjednostce (SSU) rybosomu
DNA (18S rDNA). Metoda PCR w czasie rzeczywistym opracowana przez Bonants i in. (2015) opiera się na polimorfizmie pojedynczego nukleotydu (SNP) związanym z patotypem 1(D1) zidentyfikowanym za pomocą analizy redukcji złożoności sekwencji polimorficznych (CRoPS). W przypadku stosowania materiału z brodawek ziemniaczanych do monitorowania skuteczności izolacji DNA stosuje się wewnętrzną pozytywną kontrolę izolacji ukierunkowaną na roślinny gen COX. Patotyp 1(D1) można odróżnić przynajmniej od patotypów 2(G1), 6(O1) i 18(T1) metodą PCR w czasie rzeczywistym.

Odniesienie: PM 7/28 (2) Synchytrium endobioticum. EPPO Biuletyn, 47: 420–440. https://doi.org/10.1111/epp.12441